Да, dd тупо сделает дамп диска, включая даже давно удалённые файлы, что не очень эффективно в плане занимаемого места. Для бекапа дисков я использовал fsarchiver. А вообще можно не особо заморачиваться и тупо архивировать таром. Разделы на дисках и ФС всегда можно пересоздать заново и затем распаковать архив.А ещё для архивирования последнее время часто использую squashfs, что позволяет такие архивы монтировать для чтения.